科研工作離不開抗體,WB、IP、IHC、IF、ChIP和FC都需要用到抗體,那么這幾種實(shí)驗(yàn)方法中的抗體有什么區(qū)別呢?實(shí)驗(yàn)做不出來,您的抗體選對(duì)了么?
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一、關(guān)于特異性的選擇
特異性的選擇主要需要考慮四個(gè)方面:蛋白特異性、種屬特異性、實(shí)驗(yàn)方法特異性、標(biāo)記物的特異性。
1、蛋白特異性
針對(duì)需要檢測的蛋白查找抗體,幾個(gè)細(xì)節(jié)要區(qū)分:
a.重組蛋白如果不是全長表達(dá),則需要注意抗體的免疫原區(qū)域是否在重組蛋白區(qū)域內(nèi)。
b.內(nèi)源性蛋白最好能清楚其剪切與修飾的方式,特殊表型的蛋白需要進(jìn)行序列比對(duì),并結(jié)合抗體免疫原序列,查看交叉反應(yīng)的情況。
c.磷酸化蛋白檢測需要確定具體位點(diǎn),不同位點(diǎn)的磷酸化意味著可能有不同的機(jī)制存在,不宜一概而論。
2、種屬特異性
同種蛋白不同物種,有著或大或小的差異。
a.目前大部分商品化抗體都是以人源蛋白序列為模板重組蛋白或設(shè)計(jì)多肽抗原的,根據(jù)蛋白的同源性的情況與其他種屬發(fā)生交叉反應(yīng)。需要參照說明書注明的可反應(yīng)種屬信息。
b.一些稀有種屬很難找到抗體,可以通過蛋白的序列比對(duì),選擇同源序列免疫的抗體,不過一般這種情況生產(chǎn)商不會(huì)受理其關(guān)于質(zhì)量的申訴,如果可以申請(qǐng)到免費(fèi)的抗體樣品,則利于抗體選擇。
3、實(shí)驗(yàn)方法特異性
目前使用抗體的實(shí)驗(yàn)方法有很多,不同的使用方法過程中,因?yàn)閷?duì)蛋白樣品的處理方式不一樣,蛋白的含量有差異,對(duì)抗體的識(shí)別表位和效價(jià)要求都是不一樣的。
4、標(biāo)記物的特異性
一般基于實(shí)驗(yàn)操作的實(shí)驗(yàn)方法不會(huì)使用帶有標(biāo)記的一抗,比如 WB、IHC 等,都是通過二抗類的試劑標(biāo)記達(dá)到結(jié)果呈現(xiàn)的目的。但是基于儀器分析的一些實(shí)驗(yàn),可能就會(huì)使用到直接標(biāo)記的一抗,比如流式實(shí)驗(yàn)。那么需要了解到自己將要使用的儀器能檢測到的熒光范圍,針對(duì)不通的參數(shù)要求選擇對(duì)應(yīng)的標(biāo)記物。在免疫熒光雙標(biāo)實(shí)驗(yàn)中,需要選配不同的熒光標(biāo)記物。
二、不同實(shí)驗(yàn)對(duì)抗體有什么不同的要求?
在理解上面技術(shù)對(duì)抗體需求的區(qū)別之前我們首先要知道這些實(shí)驗(yàn)技術(shù)都需要什么樣的抗體。
1、WB
WB的蛋白經(jīng)過加熱變性之后都變成線性的結(jié)構(gòu)。因此zuihaode抗體是采用非常特異序列的人工合成多肽的方法來做實(shí)驗(yàn),結(jié)果也非常特異。
2、IP/CHIP
我們用抗體去結(jié)合生理狀態(tài)下的蛋白質(zhì),因此IP的抗體最好使用純化的天然蛋白制作的抗體來做,也可以用純化的重組蛋白的抗體。最好不要用人工合成多肽制作的抗體,因?yàn)檫@種抗體識(shí)別的位點(diǎn)可能被深深地藏在了蛋白的內(nèi)心深處。CHIP和IP沒有太大的區(qū)別,weiyi的問題在于,如果抗體識(shí)別的表位和該蛋白質(zhì)與DNA結(jié)合的部位一致,則會(huì)導(dǎo)致CHIP實(shí)驗(yàn)的失敗。
3、 IF/IHC
免疫熒光和免疫組化中需要進(jìn)行固定一步,固定是為了盡量讓細(xì)胞的形態(tài)結(jié)構(gòu)維持和原有的一致。這種化學(xué)物質(zhì)的固定使蛋白質(zhì)變性凝固,與天然狀態(tài)下的蛋白質(zhì)有了一定的區(qū)別,但是又不同WB中加熱變性變成了線性的結(jié)構(gòu)。因此在做IF/IHC實(shí)驗(yàn)中,最合適的抗體可以是純化的重組蛋白得到的抗體,也可以是人工合成多肽得到的抗體(多肽是在蛋白質(zhì)的表面)
4、FC
流式細(xì)胞中分為兩種,一種是活細(xì)胞的流式,這種流失最好采用是天然蛋白或者重組蛋白的抗體來做,另外一種是經(jīng)過固定之后的流式,和IF/IHC 所用抗體一致。在做流式細(xì)胞中,我們有直接標(biāo)記和間接標(biāo)記,間接標(biāo)記不如直接標(biāo)記真實(shí)準(zhǔn)確。因此我們選擇流式抗體要采用帶有熒光標(biāo)記的抗體;如果研究的蛋白沒有直接標(biāo)記的抗體,那么就采用間接標(biāo)記抗體,需要添加熒光二抗。
三、怎樣選擇適合你實(shí)驗(yàn)需要的抗體?
1. 一抗選擇要點(diǎn):
a.確定抗體的名字。注意中英文名字、它名、亞型等信息。
b.確定你的實(shí)驗(yàn)類型。Elisa,WB,IHC,ICC,還是FACS。一般抗體的說明書都會(huì)列出該抗體經(jīng)驗(yàn)證過適用于何種實(shí)驗(yàn)的類型,如果抗體說明書沒有提及的應(yīng)用類型,并不意味著該抗體不適用于此種分析應(yīng)用類型,而僅是說明尚未經(jīng)過此種實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,請(qǐng)根據(jù)說明書列出的已驗(yàn)證的類型來選擇適合你實(shí)驗(yàn)的抗體。
c.確定實(shí)驗(yàn)樣本的種屬。Human,Mouse,還是Rat。一般抗體說明書都列出該抗體經(jīng)試驗(yàn)驗(yàn)證過適用于何種物種實(shí)驗(yàn),請(qǐng)根據(jù)說明書列出已驗(yàn)證的種屬來選擇適合你實(shí)驗(yàn)的抗體。
d.樣本蛋白的結(jié)構(gòu)性質(zhì)。了解樣本蛋白的結(jié)構(gòu)性質(zhì)有助于選擇最合適的抗體,待測樣本蛋白的結(jié)構(gòu)域和樣本在提取和處理過程中是否會(huì)變性,蛋白空間構(gòu)象的改變,會(huì)影響抗體的免疫親和反應(yīng)。
e.單多克隆抗體的選擇。市面上的抗體還是以多克隆抗體為主,一般單克隆抗體特異性強(qiáng),但親和力相對(duì)小,檢測抗原靈敏度相對(duì)就低;而多克隆抗體特異性稍弱,但抗體的親和力強(qiáng),靈敏度高,但易出現(xiàn)非特異性染色(可以通過封閉等避免)。
2. 二抗選擇要點(diǎn):
a.種屬來源。主要根據(jù)一抗種屬來源來決定購買二抗來源,如一抗是小鼠來源,那二抗就買抗小鼠的即可(羊、兔等均可)。
b.標(biāo)記物的選擇。有HRP、Biotin、熒光素等標(biāo)記物。一般SP三步法二抗選擇Biotin標(biāo)記的二抗,以與后面的SP結(jié)合反應(yīng),而免疫熒光染色就需要購買不同熒光素標(biāo)記的二抗。
四、常見的問題
Q1. 做流式的抗體和免疫組化的抗體是一樣的嗎?
不一定能通用。流式是用直接標(biāo)記還是間接標(biāo)記?如果是直接標(biāo)記的話,那這個(gè)抗體一般不是FITC標(biāo)記或者就是TRITC,PE之類的。如果恰好你的免疫組化,也是想用熒光素標(biāo)記的抗體來直接標(biāo)記,那就可以通用。如果你的免疫組化要用其它的標(biāo)記的話,或者是間接標(biāo)記的話,就有麻煩,因?yàn)闊晒馑氐臉?biāo)記很可能會(huì)影響二抗和一抗的結(jié)合。
Q2. 為什么我的抗體做WB非常好,而做不了IF,IHC等其他任何實(shí)驗(yàn)?
首先恭喜你有一個(gè)WB非常好的抗體,畢竟能獲得做WB非常好的抗體也不容易。其次,你這個(gè)抗體很可能是通過人工合成多肽得到的,和上面所述,你用來做抗原的多肽恰好被包埋在蛋白質(zhì)的中心,因此只能識(shí)別WB中線性的部分。
Q3. 如何選擇免疫組化抗體?
首先,一抗是選擇單克隆抗體還是多克隆抗體,單克隆抗體特異性強(qiáng),靈敏度低;多克隆抗體靈敏度高,特異性弱。根據(jù)你的實(shí)驗(yàn)結(jié)果,如果非特異多,那么選擇單克隆抗體;如果陽性信號(hào)弱,不妨選擇多克隆抗體試試。一般家兔來源的都是多克隆,小鼠來源的是單克隆。其次是要弄明白該一抗能夠識(shí)別什么種屬的抗原,抗體說明書上面一般注明有,比如小鼠Mus, 大鼠Rat, 人Hum。再次比較重要的是要注意一抗的來源。比如我們?cè)谌说陌┙M織中做p53的免疫組化,一抗我們采用的是小鼠來源的p53抗體,那么二抗我們一定要選擇抗小鼠的二抗比如(山羊抗小鼠,兔抗小鼠),這一點(diǎn)非常重要。最后,一般的抗體說明書都會(huì)注明能做什么實(shí)驗(yàn),如果標(biāo)明了不可以做免疫組化,一定不要選擇;反過來說,即使標(biāo)明了可以做免疫組化,也不一定能夠做,商家只會(huì)夸大其效果。
Q4. WB和IF的二抗是一樣的嗎?
很明顯,不是!免疫熒光抗體是用于 免疫熒光試驗(yàn)的,是用FITC或PE等標(biāo)記的抗體,結(jié)果需要紫外線激發(fā)并用熒光顯微鏡觀察WB抗體一般是HRP或堿性磷酸酶等標(biāo)記的抗體,需顯色底物(如OPDTMB等)直接顯色(肉眼)或化學(xué)發(fā)光法顯影(需特殊儀器)。
Q5. 做CHIP的抗體是否可以用來做WB抗體?
不一定,一般來說做CHIP級(jí)別的抗體對(duì)抗體純度特異性方面都要求比較高,基本上能做CHIP的抗體都可以做WB。但是如果CHIP的抗體識(shí)別的是構(gòu)象表位(比如是由兩個(gè)實(shí)際靠在一起但變?yōu)榫€性結(jié)構(gòu)之后相隔很遠(yuǎn)的兩端序列),而不是線性表位,這種CHIP抗體做不了WB。
Q6. 抗體說明書上面沒有寫該抗體能夠用于某項(xiàng)實(shí)驗(yàn)怎么辦?
一般而言,抗體研發(fā)出來之后都要經(jīng)過WB,IP,IF,IHC實(shí)驗(yàn)。檔發(fā)現(xiàn)濃度不夠做IF,IHC時(shí)候,國外的抗體一般都是寫未檢測,國內(nèi)的抗體一般是不寫。所以盡量不要抱著試試的心里去嘗試,往往只會(huì)浪費(fèi)時(shí)間。你想啊,如果抗體能夠做該實(shí)驗(yàn),他們肯定會(huì)寫上去啊。
Q7. 做ELISA的抗體能否用來做WB?
通常用WB抗體稀釋濃度為1:1000,IF/IHC為1:100,而如果可以做ELISA則可以稀釋1:10000。如果一個(gè)抗體用來做ELISA的,那么言外之意就是該抗體效價(jià)不高。但不是說ELISA的抗體不能用于做WB,抗體說明書提示做ELISA稀釋比例為1:1000,那么你可以試試1:100做做WB
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